NABP2：肝細(xì)胞癌表達(dá)的潛在生物標(biāo)志物及其與臨床病理與免疫浸潤的關(guān)聯(lián)

摘要：本研究通過qPCR分析發(fā)現(xiàn)，與正常肝細(xì)胞LO2相比，肝細(xì)胞癌（HCC）細(xì)胞中NABP2的表達(dá)水平顯著升高。進(jìn)一步的數(shù)據(jù)庫分析證實(shí)，NABP2蛋白在HCC中的表達(dá)上調(diào)，并與HCC患者的臨床病理特征密切相關(guān)。此外，NABP2的表達(dá)還與多個(gè)免疫細(xì)胞標(biāo)志物（包括STAT6、STAT5A、STAT4、LAG3、CTLA4、CD8A、CD8B和KIR2DL4）呈現(xiàn)相關(guān)性。綜合這些發(fā)現(xiàn)，我們揭示了NABP2與HCC預(yù)后及免疫浸潤的潛在聯(lián)系，暗示NABP2可作為HCC診斷和預(yù)后的潛在生物標(biāo)志物。本研究為深入理解HCC的分子機(jī)制及開發(fā)新的診療策略提供了重要的科學(xué)依據(jù)。
　　關(guān)鍵詞：肝細(xì)胞癌；免疫浸潤；NABP2
　　一、引言
　　肝細(xì)胞癌（HCC）是肝臟常見惡性腫瘤，發(fā)病率高、預(yù)后差，3年生存率低，中位生存時(shí)間短。手術(shù)切除加化療雖是早期HCC有效治療策略，但易轉(zhuǎn)移致手術(shù)復(fù)雜風(fēng)險(xiǎn)高。近年研究顯示免疫浸潤對(duì)HCC治療及預(yù)后影響大，需探索新免疫相關(guān)治療靶點(diǎn)。單鏈DNA結(jié)合蛋白在細(xì)胞代謝中關(guān)鍵，新發(fā)現(xiàn)的NABP2對(duì)維持基因組穩(wěn)定重要。不過，NABP2在HCC中的表達(dá)及作用不明，本研究分析了相關(guān)數(shù)據(jù)庫，揭示了其對(duì)HCC預(yù)后的影響及與免疫微環(huán)境的潛在聯(lián)系。
　　二、材料與方法
　　（一）細(xì)胞培養(yǎng)和qPCR分析
　　LO2、HUH7、Hepg2、LM3、97L和Hep2.215細(xì)胞培養(yǎng)于含10% FBS的DMEM培養(yǎng)基中，37℃，5% CO2。
　　（二）NABP2mRNA和蛋白水平的變化
　　從以上細(xì)胞中提取總RNA，然后使用qPCR檢測(cè)HCC細(xì)胞中NAPB2的mRNA水平。與此同時(shí)，利用人蛋白圖譜（Human Protein Atlas，HPA）數(shù)據(jù)庫（https://www.proteinatlas.org）中的IHC分析NABP2蛋白在HCC中的表達(dá)水平。利用臨床蛋白質(zhì)組學(xué)腫瘤分析協(xié)會(huì)（CPTAC）蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫（https://cptac-data-portal.georgetown.edu/cptacPublic）中的NABP2蛋白水平。
　　（三）TCGA和ICGC數(shù)據(jù)庫分析
　　我們利用TCGA和ICGC數(shù)據(jù)庫評(píng)估NABP2mRNA表達(dá)與HCC患者臨床病理特征的相關(guān)性。
　　（四）NABP2表達(dá)與免疫細(xì)胞的相關(guān)性
　　利用TIMER和基因表達(dá)譜交互分析（GE-PIA）數(shù)據(jù)庫分析NABP2與免疫標(biāo)記基因表達(dá)的相關(guān)性。
　  （五）統(tǒng)計(jì)分析
　　數(shù)據(jù)來自TCGA，均按R-3.6.1確定。采用limma和vioplot包分析NABP2在TCGA、ICGC和CPTAC組中的不同表達(dá)水平。采用Kaplan-Meier繪圖儀對(duì)ICGC樣本進(jìn)行生存分析。通過Spearman相關(guān)分析，在GEPIA數(shù)據(jù)庫和TIMER中評(píng)估NABP2基因表達(dá)的相關(guān)性。
　  三、結(jié)果
　　（一）NABP2mRN和蛋白水平的表達(dá)
　　采用qPCR技術(shù)檢測(cè)NABP2在LO2正常肝細(xì)胞株及HUH7、HepG2、LM3、97L和Hep2.215等多種HCC細(xì)胞株中的mRNA表達(dá)水平。對(duì)比LO2細(xì)胞發(fā)現(xiàn)，97L和Hep2.215細(xì)胞株中NABP2的mRNA表達(dá)顯著上調(diào)。為進(jìn)一步驗(yàn)證，利用HPA數(shù)據(jù)庫分析其蛋白表達(dá)水平，并通過免疫組化技術(shù)觀察到，NABP2蛋白在HCC組織中的表達(dá)顯著高于正常肝細(xì)胞，與mRNA水平檢測(cè)結(jié)果一致。這些數(shù)據(jù)表明，NABP2在HCC細(xì)胞中的表達(dá)顯著高于正常肝細(xì)胞。
　　（二）人肝組織中NABP2的高表達(dá)
　　為進(jìn)一步探究NABP2在人體各組織中的表達(dá)特征，我們利用GTEx數(shù)據(jù)庫分析。在該數(shù)據(jù)庫中，紅色代表高表達(dá)水平，而黑色則代表低表達(dá)水平。結(jié)果顯示，NABP2 mRNA在大多數(shù)正常組織中均呈現(xiàn)高表達(dá)狀態(tài)。然而，值得注意的是，在肝臟組織中，NABP2的表達(dá)水平相對(duì)較低，且在不同性別（女性和男性）的肝臟組織中并未觀察到顯著差異。
　?。ㄈ㎞ABP2表達(dá)水平與HCC患者臨床病理特征的相關(guān)性研究
　　接下來，我們利用TCGA和ICGC數(shù)據(jù)庫評(píng)估NABP2mRNA表達(dá)與HCC患者臨床病理特征的相關(guān)性。我們發(fā)現(xiàn)NABP2高表達(dá)與高分期、高存活、高組織學(xué)相關(guān)_在TCGA數(shù)據(jù)庫中，grade和White (p=0.004, p=0.004, p=7.699e-06和p=0.007）。與這些結(jié)果一致，在ICGC數(shù)據(jù)庫中，高NABP2與存活、高惡性和分期（p=7.349e-04,7.524e-04和0.007）相關(guān)。
　　（四）NABP2與免疫特征的相關(guān)性
　　我們利用TCGA數(shù)據(jù)庫對(duì)NABP2表達(dá)水平與浸潤免疫細(xì)胞的相關(guān)性進(jìn)行了初步分析。隨后，為驗(yàn)證這一發(fā)現(xiàn)，我們采用R軟件在GE-PIA數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行了進(jìn)一步驗(yàn)證。NABP2在HCC中的表達(dá)水平與多種免疫細(xì)胞標(biāo)記基因的表達(dá)顯著相關(guān)，包括Th2（STAT6、STAT5A）、Th1（STAT4）、T細(xì)胞（general）（CD2）、T細(xì)胞衰竭（CTLA4和LAG3）、CD8+ T細(xì)胞（CD8B和CD8A）、自然殺傷細(xì)胞（KIR2DL4）等標(biāo)記基因的表達(dá)顯著相關(guān)，提示NABP2與HCC中免疫細(xì)胞的浸潤有關(guān)。
　　四、討論
　　HCC高死亡率，其發(fā)病率和相關(guān)死亡給全球健康帶來沉重負(fù)擔(dān)。研究表明免疫浸潤影響HCC患者預(yù)后和治療，需發(fā)現(xiàn)新免疫相關(guān)治療靶點(diǎn)。本研究首次報(bào)道NABP2在HCC患者中的表達(dá)、與臨床病理特征的相關(guān)性及與免疫浸潤的潛在關(guān)系。研究發(fā)現(xiàn)，NABP2在HCC中過表達(dá)，且與患者臨床病理特征相關(guān)，高表達(dá)NABP2或成潛在預(yù)后指標(biāo)。其表達(dá)水平還與Th細(xì)胞標(biāo)記基因相關(guān)，是腫瘤免疫狀態(tài)潛在生物標(biāo)志物，可預(yù)測(cè)免疫治療效果。不過，還需大規(guī)模轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組研究及功能研究。

文章來源：《安徽科技報(bào)》 http://www.00559.cn/w/qt/35317.html